Геномні дані та викопні рештки переглянули еволюційне дерево кажанів
Проєкт Bat1K проаналізував геноми 103 видів кажанів і запропонував переглянуте еволюційне дерево 21 родини.
Консорціум Bat1K створив хромосомні геномні збірки 103 видів кажанів, що представляють усі 21 визнану родину, та на їхній основі запропонував переглянуту схему еволюційних зв’язків і біогеографії цих тварин. Дослідження також поєднало геномні дані з інформацією про викопні рештки.
Як повідомляє Nature, новий набір охоплює 42 зібрані науковцями геноми референтної якості, з яких 26 розділено за гаплотипами. Разом із 62 наявними високоякісними збірками це дало змогу проаналізувати 103 види, а також залучити вісім зовнішніх для кажанів видів ссавців для порівняння.
Уточнене родинне дерево
Дослідники порівняли кілька типів геномних даних: білок-кодувальні гени, мітохондріальні геноми, нейтральні ділянки ДНК та однонуклеотидні варіанти. Аналізи підтвердили, що два підряди кажанів — Yinpterochiroptera і Yangochiroptera — є монофілетичними групами. Водночас результати не підтримали уявлення про монофілію Microchiroptera, тобто групи всіх кажанів, здатних до ехолокації.
Усі 21 родину в різних наборах даних і методах відновили як монофілетичні. Автори також повідомили про альтернативний склад і порядок відгалуження надродин. Зокрема, родину Myzopodidae, до якої належать ендемічні для Мадагаскару присоскопі кажани, нова робота розміщує у складі Vespertilionoidea. Раніше її відносили до переважно неотропічної надродини Noctilionoidea.
Геноми та викопні свідчення
Для створення нових збірок застосували довгочитальне секвенування та технологію Hi-C. Геноми мають хромосомний рівень якості й охоплюють, зокрема, рідкісні та регіонально ендемічні родини Craseonycteridae з Таїланду і М’янми, Mystacinidae з Нової Зеландії та Myzopodidae з Мадагаскару.
У роботі зазначено, що найдавніші відомі викопні кажани датуються раннім еоценом — приблизно 56–52 мільйони років тому — і знайдені в Азії, Північній Америці, Європі та Австралії. Вони свідчать, що активний політ та ехолокація вже існували на той час. Водночас давніші й пізніші ділянки викопного літопису залишаються фрагментарними, тому для реконструкції ранньої історії кажанів дослідники поєднали палеонтологічні та молекулярні підходи.
Окремо команда проаналізувала транспозони — рухомі елементи геному — та мікроРНК. Вчені виявили 188 консервативних родин мікроРНК у всіх 103 видах і зафіксували відмінності в накопиченні транспозонів між еволюційними лініями кажанів.
