Епігенетичні відмінності клітин пухлин молочної залози пов’язали з прогнозом

Дослідники виявили в гормонорецептор-позитивних пухлинах молочної залози повторювані групи клітин із різними епігенетичними властивостями. Частка клітин із базальноподібними ознаками була пов’язана з характеристиками агресивнішого перебігу захворювання, зокрема з підтипом люмінальний B. Про це повідомляє Nature.

Аналіз окремих клітин

Науковці дослідили свіжі хірургічно видалені пухлини 12 жінок, які до операції не отримували лікування. Вибірка складалася переважно з люмінальних гормонорецептор-позитивних пухлин; також до неї увійшла одна базальна потрійно негативна пухлина. За допомогою мас-цитометрії CyTOF автори вимірювали модифікації гістонів та інші маркери на рівні окремих клітин.

У кожній люмінальній пухлині метод виявив три субпопуляції ракових клітин: ті, що діляться, люмінальні та базальноподібні. Базальноподібна група була меншою, але повторювалася в різних зразках, двох моделях пухлинних ксенотрансплантатів і клітинах лінії MCF7. Її клітини мали високий рівень маркера K5 та слабший люмінальний сигнальний профіль.

Зв’язок із характеристиками пухлин

Базальноподібні та люмінальні клітини відрізнялися набором модифікацій гістонів. Модель машинного навчання, навчена на частині клітин кожної пухлини, класифікувала решту субпопуляцій із точністю 94%. Автори також встановили, що більша частка базальноподібних клітин асоціювалася з меншою кількістю клітин, позитивних за рецепторами естрогену та прогестерону.

Такі клітини частіше траплялися у пухлинах люмінального B, ніж люмінального A. Їхня частка також позитивно корелювала з мутаційним навантаженням пухлини, а пухлини з мутаціями TP53 містили більше базальноподібних клітин. Дослідники розглядають епігенетичні зміни як один із механізмів внутрішньопухлинної різнорідності та потенційні маркери для ранньої діагностики й оцінювання прогнозу.

Перспектива аналізу крові

У роботі також описано платформу EPINUC для дослідження циркулюючих у плазмі нуклеосом. Такі нуклеосоми, що вивільняються переважно з клітин, які відмирають, можуть зберігати епігенетичні ознаки тканини походження. Автори зазначають, що поєднання даних про пухлинні клітини та нуклеосоми в крові може дати змогу неінвазивно вивчати епігенетичну неоднорідність пухлин.