Дослідники описали обчислювальний дизайн металопротеаз

Міжнародна група авторів, до якої входять дослідники Університету Вашингтона та Інституту дизайну білків, опублікувала в Nature наукову роботу про обчислювальний дизайн металопротеаз — ферментів, активність яких пов’язана з іонами металів. Першими авторами статті вказані Anqi Chen і Kejia Wu.

Дані та структури

Автори повідомили, що всі дані, згенеровані або проаналізовані в межах дослідження, доступні у статті, додаткових матеріалах і репозиторії Zenodo. Код, використаний у роботі, також розміщено в цьому репозиторії.

Кристалічні структури, пов’язані з дослідженням, депоновано в Protein Data Bank під кодами 11CE, 11CM, 11CP, 11CR, 11CU, 11CY та 11DU. У роботі брали участь науковці з установ у США, Великій Британії, Іспанії, Китаї, Німеччині та Швейцарії.

Наукове підґрунтя

У списку літератури автори посилаються на дослідження цинкових металопротеаз, матриксних металопротеїназ і ферментів, що беруть участь у розщепленні пептидних зв’язків. Також наведено праці з обчислювального проєктування білків, зокрема з використанням RFdiffusion, і з прогнозування біомолекулярних взаємодій за допомогою AlphaFold 3.

Фінансування роботи надали, зокрема, Фонд Білла і Мелінди Гейтс, Національні інститути здоров’я США, Howard Hughes Medical Institute та інші наукові й благодійні організації, зазначені авторами.